Rodrigo disfruta con sus padres de unas vacaciones en la ciudad de Santander. Mientras pasean tranquilamente por el muelle, se fijan en unas curiosas estatuas de bronce que representan a niños desnudos tirándose al mar. Son los raqueros, niños sin familia que vivían en la calle y que sobrevivían con algún robo y con las monedas que les lanzaban al agua, que eran capaces de recuperar gracias a sus habilidades de buceo.
Tras una caída al mar en el muelle, Rodrigo, el hijo único, egoísta y bastante consentido de la familia Morales, pasa de disfrutar con sus padres de un paseo relajado a encontrarse en una situación bastante complicada: sin saber cómo, ha viajado en el tiempo y ahora esas estatuas son niños de carne y hueso, raqueros que viven en el Santander de inicios del siglo XX. El joven tendrá que ganarse la confianza del grupo para poder sobrevivir hasta averiguar cómo volver a su tiempo.
Además de los muchos choques culturales y sociales que Rodrigo encuentra entre 1906 y la actualidad, una de las características más destacables de esta novela es el uso del lenguaje. Como está situada en Santander y gran parte de la trama transcurre en la zona de los muelles, aparece todo el léxico marítimo y casi se puede oler el mar entre las páginas. Pero además, Mónica Rodríguez nos introduce en la época con el uso del habla vulgar de algunos personajes y el argot propio de los raqueros, esas palabras tan raras que Rodrigo no entiende a su llegada (tordo, anadar, cole, taday, embizcar), pero que pronto conseguirá comprender para poder defenderse en ese ambiente.
La pobreza, el hambre y las penurias que soportan los menos privilegiados ayudarán a Rodrigo a ir abriendo los ojos a un mundo al que antes no había prestado atención. Las desigualdades sociales y el rechazo de la clase burguesa hacia los raqueros y otros personajes de la novela consiguen que Rodrigo reflexione sobre sus propios valores y que quitaría este "que" tome conciencia de la realidad que sufren esos niños abandonados a su suerte.
Los niños del muelle es una historia de crecimiento y evolución personal del protagonista, que no sólo hace un viaje en el tiempo sino también uno personal que le cambiará profundamente, gracias a la solidaridad y amistad que emprende con los raqueros.